สถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ มีฐานะเทียบเท่าคณะหนึ่งในมหาวิทยาลัย มีผู้อำนวยการสถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์
เป็นหัวหน้าส่วนราชการ และคณะผู้บริหารสถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์
ประกอบด้วย
รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารและแผนงาน
รองผู้อำนวยการฝ่ายวิจัยและจัดการความรู้เพื่อสังคม
รองผู้อำนวยการฝ่ายสืบสานศิลปวัฒนธรรมและกิจการพิเศษ
รองผู้อำนวยการฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศและการประกันคุณภาพ
รองผู้อำนวยการฝ่ายสื่อการศึกษาและสังคมสัมพันธ์
ผู้ช่วยผู้อำนวยการฝ่ายวิเทศสัมพันธ์
มีคณะกรรมการประจำสถาบัน ฯ ทำหน้าที่กำหนดนโยบายของสถาบัน ฯ และพิจารณาให้ความเห็นชอบงานสำคัญ
ๆ ของสถาบัน ฯ ก่อนที่จะเสนอมหาวิทยาลัย
โครงสร้างการแบ่งส่วนราชการของสถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ แบ่งออกเป็น
- สำนักงานผู้อำนวยการ
- ฝ่ายวิจัย และบริการทางวิชาการ
- ฝ่ายหลักสูตรและการสอน